Музей Москвы — центр знаний о Москве.

Основным направлением научно-просветительской и научно-исследовательской деятельности музея является москвоведение. Результатами этой работы становятся новые выставки, посвященные различным аспектам истории и развития города, музейно-образовательные программы для взрослых и детей, лаборатории современных городских исследований, новые городские экскурсионные маршруты, публикации и каталоги.

Музей Москвы ежегодно проводит  научно-практическую конференцию «Музей в городе — город в музее», выступает организатором научных чтений и конференций, посвященных изучению Москвы, а также площадкой актуальных дискуссий о городе и его преобразованиях в наши дни.

Кроме того, в рамках масштабного проекта «Москва без окраин», посвященного исследованию локальной идентичности городских районов, Музей Москвы подготовил методическое пособие, которое поможет реализовать подобные проекты на базе других культурных институций. В пособии представлены рекомендации ко всем этапам работы — от поиска респондентов и проведения интервью до освещения проекта в СМИ и телеграм-каналах.